山南地区水资源蕴藏丰富，主要来源于地表水资源、地下水资源、冰川水资源和大气降水。现有水资源总量为781.2亿立方米，年径流量为550.2亿立方米，湖泊和冰川蓄水量也达数百亿立方米，人均占有径流水量达22万立方米，耕地亩均占有径流量为11万立方米。

　　地表水资源：天然水能理论蕴藏量约2,500万千瓦，现已开发利用4.22万千瓦（不含羊湖电站），水能资源利用率不到0.2%，水资源和水能资源开发潜力巨大，前景十分广阔。

　　地表水按水系可分为三大水系，即内陆水系、外流水系、雅鲁藏布江水系。内陆湖泊水系湖水面积1,044.75平方公里，流入内陆湖泊的较大河流10条，大小湖泊88个，面积在1平方公里以上的有12个，最大的羊卓雍湖面积达638平方公里。外流水系主要有洛扎雄曲河、达旺河、西巴霞曲河等边境河流，在境内干流长627公里，流域面积38,154平方公里。雅鲁藏布江水系流域面积163,951平方公里，沿江较大支流25条，总流域面积7,232平方公里。

　　地下水资源：山南地区地下水蕴含量极其丰富，但分布极不平衡，总量约为221亿立方米。

　　冰川水资源：主要分布在错那、措美、浪卡子等县，总储量约10亿立方米。目前尚未开发利用。